Το Υποκατάστημα Νάξου, μετά την κατάργηση του Έμμισθου Υποθηκοφυλακείο Νάξου, υπάγεται στο Κτηματολογικό Γραφείο Κυκλάδων του ν.π.δ.δ Ελληνικό Κτηματολόγιο και είναι αρμόδιο για τους προκαποδιστριακούς ΟΤΑ ΑΓΙΟΥ ΑΡΣΕΝΙΟΥ, ΒΙΒΛΟΥ, ΓΑΛΑΝΑΔΟΥ, ΓΑΛΗΝΗΣ, ΓΛΙΝΑΔΟΥ, ΕΓΓΑΡΩΝ, ΜΕΛΑΝΩΝ, ΝΑΞΟΥ, ΠΟΤΑΜΙΑΣ, ΣΑΓΚΡΙΟΥ της Π.Ε. Νάξου.