Από διάφορα και διάσπαρτα αρχαιολογικά ευρήματα φαίνεται ότι στον Κλέφαρο και στο Ραχίδι, στους δυο παραδοσιακούς οικισμούς του Φιλωτιού υπήρχε αγροκτηνοτροφικός οικισμός, ένα ξεχωριστό και ισχυροποιημένο χωριό από τα προϊστορικά χρόνια με διαφορετική πιθανόν ονομασία από τη σημερινή. Η ύπαρξη αυτού του οικισμού ενισχύεται για τέσσερις πιθανούς λόγους, όπως σημειώνει εύγλωττα ο διδάκτορας – ιστορικός Στέφανος Εμμανουήλ Ψαρράς:
α) Η φυσική προστασία και η οχύρωση της περιοχής έδινε τη δυνατότητα στους ντόπιους κατοίκους να προστατεύονται από τις εχθρικές επιδρομές, τόσο από την οπτική κάλυψη (μακριά από τη θάλασσα και ανάμεσα σε ορεινούς όγκους) όσο και από την έγκαιρη ενημέρωση για τυχόν αιφνίδιες επιθέσεις ξένων εισβολών με ληστρικές διαθέσεις από τα υψηλά σημεία των ορεινών όγκων της περιοχής. Μάλιστα στις χαμηλότερες διαβάσεις και τα περάσματα πιθανότατα να υπήρχαν ειδικές φρουρές και ντόπιοι, που με φρυκτωρίες έδιναν σήματα στους κατοίκους του οικισμού να λάβουν μέτρα προστασίας για να σωθούν στις βουνοκορφές και στα ορεινά λημέρια του Ζα. Τέτοια σημεία είναι το πέρασμα από τον Τίμιο Σταυρό Φιλωτίου, ο Άγιος Ιωάννης στα Φινέλια, η Αγία Μαρίνα στ’ Ατσιμαούρου και η Σκάλα των Αργιών.
β) Το Φιλώτι είναι η μοναδική και ασφαλέστερη δίοδος ανάμεσα στα βόρεια και ανατολικά τμήματα της Νάξου με τις νότιες και δυτικές περιοχές του νησιού. Γι’ αυτό η τοπογραφία της περιοχής δείχνει ότι οι κάτοικοι από Μαραθό, Αρχατό, Ποταμίδες, Αγιασσό, Καλαντό, Σπεδό και Φηώντα για να πορευτούν στις ανατολικές και βόρειες περιοχές του νησιού, ήταν υποχρεωμένοι να σταθμεύσουν και να περάσουν από το Φιλώτι.
γ) Ένα τρίτο στοιχείο που ίσως τράβηξε το ενδιαφέρον και την προσοχή των προϊστορικών κατοίκων ήταν η ευφορία της ανατολικής πλευράς της κοιλάδας, που απλώνεται μπροστά από τον πιθανολογούμενο οικισμό με την αφθονία των υδάτων κατά την περίοδο εκείνη. Βέβαια αγνοούμε το όνομα και την ακριβή θέση της παλαιάς κώμης.
δ) Τα ελάχιστα και ανεπαρκή αρχαιολογικά στοιχεία δίνουν μια συγκεχυμένη εικόνα για την ύπαρξη του οικισμού. Βέβαια η ύπαρξη του πιθανολογούμενου προϊστορικού νεκροταφείου στις δυτικές παρυφές του Ραχιδιού στο Φιλώτι, ελάχιστα προσφέρει στην προσπάθεια σκιαγράφησης του προϊστορικού οικισμού και αναγκαστικά η σκέψη καταλήγει σε πιθανότατα ιστορικά συμπεράσματα.
Από τις προφορικές μαρτυρίες για αρκετά τυχαία αρχαιολογικά ευρήματα, το προϊστορικό νεκροταφείο της παλαιάς κώμης, απλωνόταν στη Γέφυρα του Ραχιδιού δεξιά (δυτικά) του εθνικού δρόμου από την τοποθεσία Ματούλη μέχρι την έξοδο από το χωριό, ενώ το νεκροταφείο των ιστορικών χρόνων πιθανότατα βρισκόταν αριστερά από τη Γέφυρα του Ραχιδιού (Φιλώτι), δηλαδή ανατολικά του εθνικού δρόμου σε δυο σειρές οικιών, όπου τυχαία ανακαλύπτονταν θραύσματα από αγγεία μελανόμορφα της κλασικής και της ελληνιστικής εποχής.
Όλες αυτές οι ενδείξεις οδηγούν στην ύπαρξη ενός ισχυροποιημένου οικισμού – κώμης. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι νότιες περιοχές του Φιλωτιού, που διατήρησαν το αρχαίο τους όνομα: Αργιοβέσσα, Φηώντας, Χείμαρρος, Αρχατός, Σπεδός, Κοίος, Καλαντός, Καρβουνόλακκοι κ.ά. Φαίνεται ότι στα μέρη εκείνα υπήρχε έντονη κινητικότητα και είχαν συγκροτηθεί μικροί αγροτοποιμενικοί οικισμοί στις πλαγιές των λόφων και των μικρών κοιλάδων, κοντά σε παραθαλάσσιες περιοχές.
Ένα από τα παλιά διασκορπισμένα χωριά της Νάξου ήταν και το Φιλώτι που σύμφωνα με τα προαναφερόμενα γεωργικά και οικονομικά δεδομένα έπρεπε να υπήρχε ως αγροτοποιμενικός οικισμός (κώμη) και κατά την αρχαϊκή περίοδο, την κλασσική και ελληνιστική εποχή αλλά και κατά την περίοδο της ρωμαιοκρατίας με διαφορετική ονομασία, που χάθηκε στο πέρασμα των αιώνων. Θα σταθούμε όμως περισσότερο σε δυο σημαντικές περιοχές του Φιλωτιού, την Αργιοβέσσα και τον Χείμαρρο, επειδή βρέθηκαν εκεί σπουδαία προϊστορικά νεκροταφεία και σημαντικά βραχογραφήματα. Η Αργιοβέσσα προέρχεται από τις λέξεις Αριών + βέσσα (φαράγγι από βελανιδιές). Αρία ήταν ένα είδος βελανιδιάς και βήσσα ήταν το φαράγγι (χρήση της ιωνικής προφοράς του η σε έ).
Σ’ αυτήν την περιοχή υπήρχε αγροτοπομενικός οικισμός από τα προϊστορικά χρόνια μέχρι τους ιστορικούς χρόνους. Ένα άλλο σημαντικό μνημείο στην ίδια περιοχή είναι ο Πύργος του Χειμάρρου, που έχει οικοδομηθεί στο ύψωμα ενός λόφου, ανάμεσα στους παλιούς οικισμούς της Αργιοβέσσας και του Βαρδάκη. Ο κυλινδρικός πύργος, κτισμένος με μαρμάρινους ογκόλιθους, έχει διάμετρο 9,20μ., ύψος διπλάσιο, τέσσερις ορόφους και δεν διασώζει τη στέγη του. Κτίστηκε κατά την ελληνιστική εποχή, τέλη του 4ου αιώνα π. Χ. και χρησίμευε ως φρυκτωρία για τη μετάδοση μηνυμάτων με καπνό ή φωτιά ή άλλον τρόπο.
Τα ιστορικά δεδομένα για το Φιλώτι αναβαθμίζουν την πρωτοβυζαντινή εποχή, όπου κτίζεται σε κοντινή απόσταση η Παναγία η Δροσιανή, ενώ κατά τη μεσοβυζαντινή περίοδο έχουμε και την ανακατασκευή του ναού της Πρωτόθρονου στο γειτονικό Χαλκί. Επιπλέον το κτίσιμο της πρώτης εκκλησίας της Παναγίας της Φιλωτίτισσας θεωρείται πιθανόν ότι έγινε κατά τα τέλη της πρώιμης βυζαντινής περιόδου, ενώ ο ίδιος ο ναός σύμφωνα με την παράδοση και τις ιστορικές συγκυρίες, ανακαινίστηκε κατά τον 11ο αιώνα επί της εποχής του αυτοκράτορα Αλεξίου του Κομνηνού. Η ύπαρξη του ναού με άλλα τρία συνεχόμενα και εφαπτόμενα παρεκκλήσια στο κεντρικό σημείο του «Λαχαναριού», την πλατεία του Φιλωτιού, υποδηλώνει την ύπαρξη ενός ισχυρού πληθυσμιακού αγροτοποιμενικού οικισμού με ρίζες από το απώτατο ιστορικό παρελθόν.
Κατά τη μεσοβυζαντινή και υστεροβυζαντινή εποχή ο οικισμός Φιλώτι είχε ενισχυθεί σημαντικά, αφού οι παραθαλάσσιοι οικισμοί της Νάξου ερημώθηκαν από τις πειρατικές επιδρομές των Σαρακηνών και άλλων επιδρομέων, ενώ η περίοδος της Φραγκοκρατίας στο νησί, βρίσκει το Φιλώτι ένα από τα σημαντικότερα φέουδα. Βέβαια το χωριό κατά τον 17ο και 18ο αιώνα επεκτείνεται από τα Φινέλια, στην ανατολική πλευρά, την Αγία Μαρίνα στ’ Ατσιμαούρου, τις παρυφές του Ζα μέχρι τον όρμο του Σπεδού και του Καλαντού, ενώ από τα δυτικά και το βουνό του Άη Γιάννη η ακτίνα αγροτοποιμενικών δραστηριοτήτων απλώνεται στις παρυφές του Κάστρου τ’ Απαλίρου, το Μαραθό το Κοίο, τον Αρχατό, το Καλυβρωτό και φθάνει στη θάλασσα της Αγιασσού μέσα από τον ομώνυμο ρυάκα.
Πηγή: Παλιό Φιλώτι/Κωνσταντής Αντ. Ψαρράς